โดยนับตั้งแต่ 27 ก.ย. 2500 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ในฐานะ องค์จอมทัพไทย มีพระบรมราชโองการ โปรดเกล้า ฯ แต่งตั้งให้ จอมพล สฤษดิ์ ธนรัชต์ ดำรงตำแหน่งผู้บัญชาการทหารสูงสุด บังคับบัญชา กองทัพบก กองทัพเรือ และกองทัพอากาศ โดยมีการจัดตั้ง กองบัญชาการทหารสูงสุด อย่างเป็นทางการ เมื่อ 16 มี.ค. 2503 หลังจากพระราชบัญญัติจัดระเบียบราชการกระทรวงกลาโหม พ.ศ. 2551 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 2 ก.พ. 2551 ซึ่งกำหนดให้ กองทัพไทย มีส่วนราชการประกอบด้วย กองบัญชาการกองทัพไทย กองทัพบก กองทัพเรือ กองทัพอากาศ และส่วนราชการอื่นตามที่กำหนดในกฤษฎีกา มี ผู้บัญชาการทหารสูงสุด เป็น ผู้บังคับบัญชา รับผิดชอบ ดังนั้น จึงมีผลทำให้ กองบัญชาการทหารสูงสุด ในอดีต เปลี่ยนเป็น กองบัญชาการกองทัพไทย ในปัจจุบัน